Oui, quand un agent contractuel est en arrêt de travail et bénéfice du maintien de son traitement indiciaire, celui-ci ne lui est versé qu'à partir du 2e jour d'arrêt de travail.

Le 1er jour de congé de maladie, appelé jour de carence, n'est pas rémunéré.

Lorsque l’arrêt de travail n'est pas causé par un accident du travail ou une maladie professionnelle, le contractuel bénéficie du maintien de son traitement indiciaire s'il justifie d’une certaine ancienneté. Et selon son ancienneté, le traitement indiciaire est maintenu pendant une durée plus ou moins longue.

Lorsque l'agent contractuel est placé en congé de maladie sans avoir droit au maintien de son traitement indiciaire, il perçoit les indemnités journalières de la Sécurité sociale s'il remplit les conditions pour en bénéficier. C'est le cas s'il n'a pas l’ancienneté nécessaire ou s'il a épuisé ses droits. Les indemnités journalières de la Sécurité sociale sont versées à partir du 4e jour d’arrêt, c'est-à-dire après un délai de carence de 3 jours.

Lorsque l’arrêt de travail est dû à un accident du travail ou une maladie professionnelle, le traitement indiciaire est maintenu dans les conditions suivantes :

À la fin de la période de rémunération à plein traitement, l'agent bénéficie des indemnités journalières de la Sécurité sociale pour accident du travail ou maladie professionnelle.

Les indemnités journalières de la Sécurité sociale pour accident du travail ou maladie professionnelle sont versées à partir du 1er jour d’arrêt, sans délai de carence de 3 jours.

Quand l'agent a droit au maintien de son traitement indiciaire, le jour de carence ne s'applique pas aux congés suivants :

• Congé de maladie pour accident de service ou accident du travail et maladie professionnelle
• Congé de grave maladie
• Congé de maladie accordé dans les 3 ans qui suivent un 1er congé de maladie pour la même affection de longue durée (ALD). Ainsi, en cas d'arrêts de travail successifs liés à une même ALD, le délai de carence ne s'applique qu'une seule fois au cours d'une même période de 3 ans débutant à partir du 1er arrêt de travail lié à cette ALD. La période de 3 ans est calculée de date à date. Si vous souffrez d'ALD différentes, le délai de carence s'applique, par période de 3 ans, pour le 1er congé de maladie engendré par chacune des ALD
• Congé de maladie accordé après une déclaration de grossesse et avant le début du congé de maternité
• Congé de maternité et congés supplémentaires accordés en cas de grossesse pathologique
• 1er congé de maladie intervenant au cours des 13 semaines suivant le décès de votre enfant de moins de 25 ans ou d'une personne de moins de 25 ans dont vous aviez la charge effective et permanente.

Le jour de carence ne s'applique pas non plus lors du 2e arrêt de travail si vous n'avez pas repris le travail plus de 48 heures entre 2 congés de maladie accordés pour la même affection.

Il en est ainsi lorsque le nouvel arrêt de travail prolonge l'arrêt précédent et que le médecin prescripteur a coché la case prolongation. Cela peut se produire quand vous faites une tentative pour reprendre vos fonctions et vous trouvez dans l'obligation de vous arrêter de nouveau 1 ou 2 jours plus tard.

Cela peut aussi se produire si vous n'avez pas pu consulter votre médecin un samedi, un dimanche ou un jour férié accolé au week-end pour des raisons indépendantes de votre volonté.

Le nouvel arrêt est considéré comme une rechute et une prolongation puisqu'il n'y a pas eu disparition de la cause de l'arrêt initial. Le délai de 48 heures, décompté en jours calendaires, commence à courir à partir du 1er jour qui suit le dernier jour de l'arrêt de travail initial.